روزنامه شرق نوشت: ماجرای مکتب ایرانی و طرح بحث آن از سوی برخی شخصیتهای سیاسی حالا با واکنش تعدادی از روحانیون و در نهایت دلخوری اقلیت زرتشتی مواجه شده است. آیتالله مصباح یزدی، رییس موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) در نقد آنهایی که مدتی است از مکتب ایرانی در قالب ابزاری سیاسی استفاده کردهاند؛ گفته که نمیتوان به جای اسلامگرایی، ایرانگرایی و ناسیونالیسم را جایگزین کرد. نباید به آتشپرستی پدران خود افتخار کنیم، چرا که آن فضیلتی نیست، باید به ایران به دلیل منسوب بودن به اهلبیت (ع) افتخار کنیم. سخنان مصباح یزدی، به ویژه آنجا که به موضوع «آتشپرستی پدران» اشاره کرده، با موجی از دلخوریها در جامعه زرتشتی ایران همراه شد. به همیندلیل دکتر «اسفندیار اختیاری» در نامه ای به دفتر آیتالله مصباح مراتب انتقاد خود و جامعه زرتشتیان ساکن در ایران را ابراز کردهاند.
نماینده ایرانیان زرتشتی در این نامه چنین نوشته:
«منسوب کردن پدران خود، به آتشپرستی موجب آزردگی ایرانیان شده چرا که بر هیچکس پوشیده نیست که ایرانیان در درازنای تاریخ هماره یکتاپرست و پرستنده خداوند یکتا بودهاند.»نماینده ایرانیان زرتشتی همچنین به تاکید مقام معظم رهبری بر همدلی و همراهی همه اقوام و گروهها اشاره کرده و افزوده است: «اینگونه سخنان که شائبه رسیدن به اهداف سیاسی خاص را در بردارد و بدیهیات تاریخ را زیر سوال میبرد به هیچ عنوان به صلاح نیست.»
در متن نامه این نماینده زرتشتی، خطاب به آیتاللهمصباح یزدی آمده: «ضمن انتقاد معنادار به سخنان اخیر جنابعالی در مجتمع فرهنگی یاوران مهدی (عج) و منسوب کردن «پدران خود به آتشپرستی» که سبب آزرده خاطر شدن ایرانیان شده، یادآوری میکنم که ایرانیان بر اساس آموزههای الهی خود، ارزشهای انسانی و انسانیت را نیز همواره در سرلوحه کاری خود قرار دادهاند. ایرانیان با کشف و شناختن آتش، این فروغ اهورایی و عنصر باارزش، آغازکننده عصر تمدن و پدیدآورنده تحولات عظیم در زندگی بشر بودهاند و با نگهداری، آن را به جهانیان عرضه کردند که این یک افتخار غیرقابل انکار ایرانیان است.»
او در ادامه تاکید دارد: «همانگونه که جنابعالی در سخنان خود به خوبی بیان داشته اید، نباید هر هدفی را با هر وسیلهای به دست آورد، در شرایطی کنونی کشور، همه گروهها، ادیان، اقوام و نژادها نیاز به همدلی و همراهی دارند، نکته ای که بارها در سخنان ارزشمند مقام معظم رهبری نیز بر آن تاکید شده. اینگونه اظهارنظرها که شائبه رسیدن به اهداف سیاسی خاص را دربردارد و در این راه بدیهیات تاریخ این کشور پرافتخار را به زیر سوال میبرد، به هیچ عنوان به صلاح نیست.»